Producto de un visionario proyecto del sobreaño Congreso Nacional el 14 de abril de 1931 mediante decreto número 198 se creo la otrora Escuela Nacional de Aviación, (Hoy Academia Militar de Aviación), lo que generó la génesis de lo que en la actualidad es la Fuerza Aérea Hondureña, pero fue hasta el 25 de enero
de 1936, que inició operaciones, la Escuela Militar de Aviación, con la admisión del primer grupo de Cadetes de Vuelo nombrándose director al Cnel. William C. Brook. A principios de 1937 las flotillas de guerra estaban compuestas por 11 aparatos, y a finales del mismo año se disponía de 19 aviones en total, distribuidos en 14 de combate, 1 bombardero, 1 de caza 1 de reconocimiento y 3 de entrenamiento que pertenecían a la Escuela Militar de Aviación.
En 1938 por disposición del poder ejecutivo, se transformaron de hecho, las flotillas de guerra en la Fuerza Aérea Hondureña; para ese año la EMA contaba con 6 aviones de entrenamiento. Del 12 de julio al 18 de noviembre de 1942, Honduras contribuyo al esfuerzo de los aliados, llevando a cabo el patrullaje antisubmarino de sus costas, particularmente del Litoral Atlántico, desarrollando misiones con mucha eficacia, aunque se tuvo que lamentar el 3 de agosto de 1942 la desaparición del piloto Francisco Martínez y el Sargento Armando Murillo Díaz en las cercanías del Puerto de Tela. El 10 de abril de 1931 durante el gobierno del Dr. Vicente Mejía Colindres se emitió el Decreto No. 198 para la creación de una Escuela Nacional de Aviación. Este Decreto fue sancionado el 14 del mismo mes por lo que la Fuerza Aérea Hondureña celebra este día la fecha de fundación del arma aérea. El Doctor y General Tiburcio Carias Andino desde un principio, deseaba hacer la Base Aérea Cnel. Hernán Acosta Mejía en la planicie donde se encuentra hoy el Estadio Nacional, porque estimaba que Toncontin estaba muy alejado de la ciudad e iba a ser riesgosa la seguridad de los aparatos, pero Lowel Yerex y Luis Alonso Fiallos lo convencieron para que fuera en Toncontin.
En el mes de junio de 1947 renunció a la Comandancia General de la Fuerza Aérea Hondureña el Coronel. Malcom F. stewart y fue nombrado en su sustitución el Coronel Hernan Acosta Mejía (primer comandante hondureño de la Fuerza Aérea).siendo de la promoción 40B graduándose el 2 de agosto de 1943 volando los siguientes aviones: Rear Wing, Stinson, Ken Royce, Ryan, Boeing 40B y 95, NA-16, Beechcraft modelo biplano y Curtiss CT-32 Cóndor.
Durante los años de 1948 y 1951 la Fuerza Aérea Hondureña adquirió varios lotes de aviones, viniendo en esos pedidos los voultee BT-13, los kings cobra P-63 y los lockeed ligtning P-38.
El viernes 13 de mayo de 1955 y cuando se aprestaba a cumplir una misión propia de las Fuerzas Armadas en la vasta zona de la mosquitia, hoy Departamento de Gracias a Dios, murió en un accidente de aviación en las cercanías del barrio el Manchen de Tegucigalpa (denominado la enlatadora) el Coronel Hernán Acosta Mejía, quien piloteaba el avión de combate locked ligtning P-38.
El 7 de marzo de 1956 llego el primer lote de aviones corsarios de 601 al 602 y el 27 de marzo del mismo año llego el segundo lote del 603 al 609 durante el mandato del Jefe de Estado Don Julio Lozano Díaz.
El 31 de enero de 1969 a la Fuerza Aérea Hondureña se le asigna la misión de transportar ayuda humanitaria del pueblo y gobierno de Honduras a la república del Vietnam del Sur, tarea en la que se voló un total de 133 horas y la que se cumplió sin ninguna novedad, registrándose como el vuelo de mayor distancia que haya realizado la FAH hasta la fecha.
El 14 de julio de 1969 producto de un ataque sorpresivo y traicionero, fueron atacadas las instalaciones de la Fuerza Aérea Hondureña en Toncontin (las que hoy ocupa la Base Aérea Coronel Hernán Acosta Mejía), por aviones salvadoreños, amenaza a la que se respondió de forma inmediata y en la que se vistió de gloria la institución del aire, cuando nuestro Héroe Nacional Teniente Coronel Fernando Soto Henríquez derribó en un mismo día y en diferentes misiones de vuelo tres aviones enemigos que irrumpían la tranquilidad de nuestro pueblo.
El 16 de enero de 1974 se reestructuró tanto la FAH como la EMA en base al acuerdo no. 58, producto de un crecimiento institucional de la Fuerza Aérea Hondureña, la jefatura de las Fuerzas Armadas se creó la Comandancia General de la rama, el estado Mayor General Aéreo, la Dirección de la Escuela Militar de Aviación, que fue separada de la comandancia de la FAH, Base Aérea Coronel Hernán Acosta Mejía, la Base Aérea Coronel Armando Escalón y años mas tarde se crearon otras unidades orgánicas de la institución aérea.
Desde el mes de octubre de 1981 la casa de estudios aeronáuticos de la Fuerza Aérea Hondureña fue trasladada a la comunidad de palmerola, Comayagua y su misión que es la de formar jóvenes líderes para el desarrollo del país no ha cambiado en la actualidad continua con la formación de dos categoría de Estudiantes una de Cadetes de Vuelo y otra de Estudiantes Técnicos, Los Cadetes después de cuatro años egresan con el grado de Subteniente y con una Licenciatura en Ciencias Aeronáuticas Militares, mientras que los Estudiantes Técnicos después de tres años de estudios egresan con el grado de Sargento Segundo Técnico y con un Bachillerato Técnico en Mecánica de Aviación. En la actualidad cuenta con una flota de aviones Maule y Tucanos, los cuales son empleados para el entrenamiento primario y avanzado de los futuros pilotos de la FAH.
En el año de 1996 y producto de un proyecto de modernización y de equidad de género en la institución armada, la Fuerza Aérea Hondureña incorporó a la mujer en sus planes de entrenamiento, tanto en la categoría de Cadetes de Vuelo como de Estudiantes Técnicos y en diciembre de 1997 graduó la primera promoción de Técnicos de Aviación Femenina y en diciembre de 1999 la FAH se torna pionera a nivel de Latinoamérica al graduar la primera promoción de Pilotos Aviadores Militares, quienes hoy en día cumplen tareas muy importantes dentro de la institución del aire.
En caso de emergencias provocadas por fenómenos naturales o de otra índole la Fuerza Aérea Hondureña, es una de las primeras institución del Estado en estar presente en el lugar de la tragedia, llevando víveres o realizaciones evacuaciones aeromedicas, labores de búsqueda, salvamento y rescate entre otras, convirtiéndose desde luego en la voz de aliento y de esperanza para los compatriotas que han sido víctimas de los embates de la naturaleza.
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