La Reforma Constitucional de 1999 nos lleva a una transición de cargo de Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas de Honduras a Jefe de Estado Mayor Conjunto, sustentando la prevalencia del Estado de Derecho, la subordinación de las Fuerzas Armadas a la Autoridad Constitucional y la creación de un marco legal para el desarrollo de las actividades multidisciplinarias de la institución castrense.